Последната битка на Перперикон, станала през 1362 година, проследи по археологически път проф. Николай Овчаров. Той и екипът му са открили мястото, където османските турци са пробили цитаделата и са влезли в средновековната крепост, съобщи БГ Фактор.
Над 10 са откритите скелети, които свидетелстват за кървавата битка. Един от тях е намерен от археолозите затрупан под развалините на крепостта. Проф. Овчаров се е натъкнал и на разчленен скелет. Според археолога вероятно става въпрос за наказателна акция на завоевателите. Краката на трупа са били поставени до главата му, а наблизо са намерени железни пранги, с които са оковавали робите. В района на пробива на цитаделата са открити над 300 единици средновековни оръжия, сред които най-много са върхове от стрели и копия – над 200. Открити са 3 железни и един бронзов боздугани.
Археолозите са се натъкнали също на 20 фрагмента от счупени мечове, саби и ятагани, ножници, 3 счупени алебарди, костени натегачи за арбалети и лъкове, като и на 20 парчета от кавалерийски шпори. След превземането Перперикон е бил разграбен напълно, категоричен е проф. Овчаров. Като пример за това той посочи откритите над 50 поругани литургични кръстове. Много от тях са строшени и огънати.
При проучването са открити и над 100 сребърни монети. 30 от тях са особено редки. Става въпрос за турски акчета от времето на емир Орхан, който в този период е оглавявал османската държава. Намерени са също монети, сечени от Андроник ІІ и Андроник ІІІ, както и монети от Венеция и от Егейските острови. Последните монети са от края на ХІV век, когато според проф. Овчаров, Перперикон е престанал да съществува като център и крепост.
До 1389 година вероятно цитаделата е била използвана от турците като гарнизонен център. След това османските войски са предприели походи на Запад и Перперикон е бил изоставен.
